SafeRed 核酸染料(10,000× 水溶液)
SafeRed核酸染料特点
1. 安全无毒:独特油性大分子使其不能穿透细胞膜进入细胞内,艾姆斯氏实验表明,该染料的诱变性远远小于EB。
2. 灵敏度高:适用于各种大小片段的电泳染色,对核酸迁移的影响小于SYBR Green I。
3. 稳定性高: 适用于使用微波或其它加热方法制备琼脂糖凝胶;室温下在酸或碱缓冲液中极其稳定,耐光性强。
4. 信噪比高:样品荧光信号强,背景信号低。
5. 操作简单:与 EB 一样,在预制胶和电泳过程中染料不降解;而电泳后染色过程也只需30 分钟且无需脱色或冲洗 ,即可直接用紫外凝胶透射仪观察。
6. 适用范围广:可选择电泳前染色(胶染法)或电泳后染色(泡染法);适用于琼脂糖凝胶或聚丙烯酰胺凝胶电泳;可用于 dsDNA、ssDNA 或 RNA 染色。
7. 完美兼容:与EB有相同的光谱特性,无需改变滤光片及观察装置:标准的 EB 滤光片或 SYBR 滤光片都适用,使用与观察EB相同的普通紫外凝胶透射仪观察即可,在 300nm 紫外光附近可得到最佳激发。
产品包装:10,000x SafeRed Nucleic Acid Dye 500uL
储存条件: 2-8℃避光干燥可保存12个月。
SafeRed操作步骤
一.胶染法(推荐方法,用法类似EB)
制胶时加入SafeRed 核酸染料(染料灵敏,每100mL 琼脂糖溶液中加入3~5μL SafeRed 原装液即可)。 按照常规方法电泳。
2. 按照常规方法进行电泳
*注:此方法染色染料用量相对较少。500 μL染料大约可以做200~500块 50mL的胶。染料加入胶中可直接使用微波炉加热,制好的胶溶液可以在室温下保存直至用完。
优化电泳条件参考事项:
要得到漂亮胶图与多种因素有关,需要在EB的基础上优化电泳条件,请尝试:marker浓度和样品浓度稀释一倍;降低琼脂糖浓度;选用更长的凝胶;降低电压延长凝胶时间以保证边缘清晰;改进上样技巧或选择泡染法染色。SafeRed染料由于染料分子偏大,会对marker的大片段迁移有一定影响,偶尔会造成拖带,微笑条带等情况。减少DNA上样量。污染和微笑条带往往是过量的DNA样本造成的。推荐的泳道和已知浓度的样品的上样量为50-200ng/泳道。对于未知浓度的样品,尝试1/2或1/3的常用上样量;减少SafeRed在凝胶中的总量,比如用0.5X的浓度来代替1X的浓度。 配制百分比浓度小的琼脂糖凝胶。高分子量的DNA在低百分比的琼脂糖凝胶分离效果比较好。
更换电泳缓冲液。新配置的电泳液效果好! TBE缓冲液比TAE缓冲液的效果更好。
染料过于灵敏,建议marker浓度稀释一倍,特别是含大片段多的marker!目前的marker是基于EB开发的,浓度对于SafeRed一般是偏高的。
染料过于灵敏,建议未知浓度的样品的稀释一倍后上样,特别是含大片段多的样品。
与EB相比,SafeRed电泳电压要低一些(一般是5V/cm但是不绝对),跑胶的时间长一些。
SafeRed染料和样品混合后,点样到琼脂糖凝胶中,有时效果非常好,有时效果不好。
由于SafeRed具有良好的热稳定性,可以在热的琼脂糖溶液中直接添加,而不需要等待溶液冷却。摇晃,振荡或者翻转以保证染料充分混匀。也可以选择将SafeRed储液加到琼脂糖粉末和电泳缓冲液中,然后用微波炉或其他常用方式加热以制备琼脂糖凝胶。SafeRed兼容所有常用的电泳缓冲溶液。
如果总是看到条带弥散或分离不理想,为了避免染料可能对DNA迁移的干扰,建议使用电泳后染胶。使用泡染法染色以确认问题是否与染料有关。如果染色后问题依旧存在,则说明问题与染料无关!
*此方法不适合预制聚丙烯酰胺凝胶,对于聚丙烯酰胺凝胶请使用泡染法。
二.泡染法
(1)按照常规方法进行电泳。
(2)用H2O将SafeRed 10,000× 储液稀释约3,300倍到0.1M NaCl中,制成3×染色液。(例如将15μL SafeRed 10,000× 储液和5mL 1M NaCl加到45mL H2O中)。
(3)将凝胶小心地放入合适的容器中,如聚丙烯容器中。缓慢加入足量的3× 染色液浸没凝胶。室温振荡染色30min左右,最佳染色时间根据凝胶厚度以及琼脂糖浓度不同而略有不同。对于含3.5~10%丙烯酰胺的凝胶,染色时间通常介于30min到1h,并随丙烯酰胺含量增加而延长。
*注意事项:用泡染法染色时,染料用量较多。单次使用的染色液可重复使用3次左右;3× SafeRed染色液可以大量制备,在室温下避光保存直至用完。
特别提醒:
如果您使用的是紫外成像仪,请选择SafeRed;如果您使用激光成像仪或希望在可见光下观测,请选择 DuGreen。
少数情况下质粒经某些酶切后的DNA样品会出现拖尾和分辨率降低,建议尝试两种染色方法决定哪种方法更合适。